Les débits moyens mensuels de L’Ognon (station de jaugeage de Viais à Pont Saint-Martin) varient de quelques dizaines l/s en été à 3 m3/s en hiver. Des ruptures d’écoulements sont constatées en été sur tout le linéaire de la rivière.
En 2018 des travaux de renaturation du lit ont été réalisés afin d’améliorer l’autoépuration et l’écoulement de la rivière. Ces actions ont permis le retour de la faune et de la flore (grenouille verte et agile, couleuvre à collier, libellules, nénuphars jaunes, frênes, aulnes…).